Het laboratorium Medische Microbiologie van het Alrijne Ziekenhuis is hét regionale centrum voor infectieziekten in Zuid-Holland West. Het laboratorium Medische Microbiologie onderzoekt patiëntenmateriaal op de aanwezigheid van micro-organismen (bacteriën, virussen, schimmels e.d.). Tevens verricht de afdeling onderzoek op de aanwezigheid van antistoffen, specifiek gericht tegen micro-organismen. Daarnaast houdt de afdeling microbiologie zich bezig met consultatie, infectiepreventie, onderwijs en innovatief, toegepast onderzoek.